TU18148 On-site plantpathogeen detectie voor plantgezondheid en fytosanitaire controle (BO-50-002-065)

Project: EZproject

Description

De toenemende handel in land- en tuinbouwproducten, toename van reizigers en klimaatverandering veroorzaken een steeds groter risico op het verspreiden van ongewenste organismen. Daarom is controle van deze goederen- en reizigersstromen op de aanwezigheid van ongewenste organismen gewenst. Hierdoor neemt de vraag naar snelle, efficiënte en accurate on-site detectiemethoden om ziekten en plagen te kunnen herkennen toe. De tot nu toe ontwikkelde on-site testen op plantpathogenen zijn allemaal enkelvoudig in gebruik. Dat wil zeggen dat ze geschikt zijn voor het testen op één enkele ziekteverwekker. Ziekteverwekkers in de plant of in andere substraten zijn echter vaak moeilijk of niet herkenbaar. Daarom is er behoefte aan de ontwikkeling van een breed werkende (meervoudige) on-site detectietechnologie. De eindgebruiker hoeft dan geen specifieke test te selecteren.

 

Doel

De bestaande methode voor extractie van DNA/RNA vereenvoudigen en tegelijkertijd de efficiëntie verbeteren, zodat deze methode ook voor on-site detectie kan worden gebruikt. Het ontwikkelen van een werkbaar format voor snelle, meervoudige on-site toetsen en het ontwikkelen van een methodiek voor het uitvoeren van on-site diagnose aan bekende plantpathogenen door middel van amplicon sequencing.

 

Aanpak

  • Ontwikkeling van een innovatief DNA/RNA-extractieprotocol. Hiervoor wordt uit een aantal geselecteerde substraten (zoals blad, stengel, water, lucht) op een simpele manier DNA/RNA geëxtraheerd.
  • Ontwikkelen van een on-site multiplexmethode waarbij gebruik gemaakt wordt van eerder ontwikkelde of in de literatuur beschreven individuele LAMP-testen, waar nodig aangevuld met nieuw te ontwikkelen testen.
  • Ontwikkeling van on-site barcode sequencing voor substraten of planten die geen of onduidelijke symptomen vertonen. Hierdoor wordt het mogelijk binnen een aantal uren de DNA-sequentie van unieke regios van het genoom van de aanwezige plantpathogenen door het gebruik van Next Gen Sequencing, te identificeren in een bedrijfsomgeving, zonder het gebruik van geavanceerde laboratoriumapparatuur en uitgebreide computerfaciliteiten.
StatusActive
Effective start/end date1/01/1931/12/22