Snelle, on-site en multidetectie van micro-organismen (KB-15-006-005, KB-06-005-038)

Binnen de diagnostiek is de trend om detectie-devices te miniaturiseren. Dit betekent vaak dat de monsters qua volume ook steeds kleiner worden, wat gezien de gewenste gevoeligheden niet altijd mogelijk en/of wenselijk is; zowel voor veterinaire diagnostiek als diagnostiek in de voedselsector moet in veel gevallen juist worden uitgegaan van grote monsters (gewicht/volume). Wanneer de concentratie van een bepaald pathogeen micro-organisme laag is, kan het - rekening houdend met de gevoeligheid van de assay - noodzakelijk zijn juist een groot monster te nemen om zo voldoende materiaal te verkrijgen waarmee in een bepaalde test nog een signaal kan worden gegenereerd. Voor bacteriën is daarom vaak een verrijking door kweek noodzakelijk, waardoor het niet mogelijk is een dergelijke test on-site uit te voeren.

Het doel van dit project is het ontwikkelen van eenvoudige procedures en systemen voor sample-voorbewerking, die in combinatie met eenvoudige en snelle (bij voorkeur multi-analiet) testmethoden resulteren in gevoelige en specifieke detectie van pathogenen.

De werkwijze in dit project is als volgt. Eerst zullen procedures, waarbij bacteriën uit (mest)monsters worden geïmmobiliseerd in een matrix, worden geoptimaliseerd. Deze methoden zullen worden gekoppeld aan een DNA-amplificatie, hetzij middels een eenvoudige PCR, hetzij middels een snelle isotherme amplificatie. Zo mogelijk zal een tussentijdse DNA isolatie worden vermeden. Daarnaast zal er worden gewerkt aan de voorfiltratie van mest om storende componenten uit het monster te verwijderen.

De beoogde resultaten zijn inzicht en kennis van antilichaam-onafhankelijke immobilisatie van micro-organismen en de mogelijkheid daarop direct een DNA-amplificatie met bijbehorende detectie uit te voeren. De beoogde procedures kunnen on-site, buiten het laboratorium worden uitgevoerd. Uiteindelijk zal dit onderzoek leiden tot snelle on-site diagnostiek van bacteriën in mest.