Schatting introductie AI op basis van genetica (WOT-01-003-081)

Tijdens de H5N8 uitbraak in 2016 werden in Nederland 9 pluimvee bedrijven geïnfecteerd met het vogelgriep virus. Deze bedrijven werden geruimd, inclusief de omliggende bedrijven, om verspreiding van het virus te voorkomen. Het is van belang om het moment van introductie van het virus op een bedrijf nauwkeurig te bepalen. Op basis hiervan is het mogelijk om een periode vast te stellen waarbinnen risicovolle contacten hebben plaatsgevonden. Dit maakt het mogelijk om snel en gericht de meest risicovolle bedrijven te identificeren en screenen, en controle maatregelen in te stellen.

Het doel van dit project is om het tijdstip van introductie van het AI virus op een pluimvee bedrijf te kunnen schatten aan de hand van de genetische samenstelling van de viruspopulatie. De genetische samenstelling van de viruspopulatie verandert in de tijd, door een combinatie van mutatie en selectie. De analyse van de genetische sequentie van de viruspopulatie kan dus gebruikt worden om de tijd dat het virus gecirculeerd heeft te schatten. In dit project brengen we de genetische variatie van het virus op 6 besmette bedrijven in kaart. Vervolgens wordt een model ontwikkeld dat kan schatten hoe lang het virus op het bedrijf gecirculeerd heeft. In combinatie met de schatting op basis van de mortaliteit zal dit leiden tot een nauwkeuriger en betrouwbaarder schatting. Daarnaast kan de kennis die wordt opgedaan over de samenstelling van de viruspopulatie op bedrijven in de toekomst gebruikt worden om transmissieroutes te identificeren.