Ontwikkeling van een efficiënt data-analyse protocol voor NGS-gebaseerde GGO-screening voor diervoeders in Nederland (WOT-02-004-048)

Doelstelling

Om effectief op de aanwezigheid van toegelaten en niet-toegelaten genetisch gemodificeerde organismen (GGO’s) te kunnen screenen in diervoeders, maar ook in voedingsmiddelen, is het noodzakelijk om steeds meer afzonderlijke analyses uit te voeren. Op dit moment wordt de screening uitgevoerd op basis van real-time PCR (Polymerase Chain Reaction)-analyses waarvoor de meest voorkomende GGO elementen worden gebruikt. Op basis van deze element-screening wordt bepaald of er zich mogelijk niet-toegelaten GGO’s in een monster kunnen bevinden. Het is de verwachting dat dit in de (nabije) toekomst efficiënter kan door gebruik te maken van geavanceerde NGS–strategieën. Dit project richt zich er op om ten behoeve van de GGO-screening in diervoeders protocollen te ontwikkelen voor NGS data-analyse ter vervanging van de huidige real-time PCR screening.

 

Werkwijze

Binnen dit project zullen NGS data-analyse protocollen worden ontwikkeld voor toegelaten en niet-toegelaten GGO’s en onbekende GGO’s. Deze data-analyse protocollen zullen worden opgezet in samenwerking met onderzoeksprojecten waarin moleculaire assays voor verrijkingsstrategieën worden ontwikkeld voor GGO-gebaseerde DNA-sequenties, o.m. het Europese Decathlon-project.

 

Projectresultaat

• Software met grafische gebruikersomgeving voor NGS-gebaseerde data-analyse protocol voor de detectie en identificatie van bekende (toegelaten en niet-toegelaten) GGO’s.
• Training en demonstratie van de software module aan eindgebruikers binnen NVWA en RIKILT.
• Een protocol voor NGS-gebaseerde data analyse voor de identificatie van onbekende GGO’s.