Methylomics (KB-37-003-057)

Project: LNV project

Project Details

Description

Pathogene bacteriën komen vaak in verschillende vormen voor, waarbij binnen een genus -en zelfs binnen een soort- veel variatie bestaat. Een voorbeeld hiervan is het Brucella genus. Brucella soorten zijn genetisch nauw verwant aan elkaar, maar de virulentie, voorkeur voor gastheer en het zoönotisch potentieel verschilt enorm tussen en binnen soorten. Om deze verschillen te verklaren, is er onderzoek gedaan naar verschillen tussen deze soorten op genoomniveau, maar tot op heden is dit nog niet gelukt. Deze informatie is echter erg belangrijk om meer inzicht te krijgen, en zo het risico snel en goed in te kunnen schatten bij introducties of uitbraken van onbekende soorten, of voor isolaten die lastig te typeren zijn.

Naast verschillen op genoomniveau, is recent gebleken dat bij bacteriën epigenetische regulatie een belangrijke rol speelt in het bepalen van virulentie en zoönotische eigenschappen. Door epigenetische regulatie verandert de expressie van een gen, zonder dat de DNA-sequentie wijzigt. Bij bacteriën gebeurt dit vooral door methylatie van bepaalde basen, wat zorgt voor stabiele, erfelijke veranderingen in het DNA. Door de opkomst van derde-generatie sequencing technieken is het tegenwoordig mogelijk om naast de genoomsequentie ook snel en efficiënt het complete methyloom van bacteriën in kaart te brengen. Op deze manier kan de invloed van methylatie op fenotypische eigenschappen bestudeerd worden.

Binnen dit project willen wij binnen WBVR een methode en analyse pijplijn opzetten om met Nanopore sequencing het methyloom van bacteriën te bepalen. Hiermee zal vervolgens het methyloom van verschillende Brucella isolaten bepaald worden, om zo meer inzicht te krijgen in de invloed van methylatiepatronen op gastheeradaptatie en virulente eigenschappen binnen dit genus. Na implementatie bij WBVR kan methyloom sequencing veel breder ingezet worden om de invloed van methylatie op eigenschappen van andere bacteriën (bv virulentie, AMR, persister formatie) -maar ook virussen en gastheercellen- te bestuderen.

StatusActive
Effective start/end date1/01/2331/12/24