LWV20235 Detectie van moeilijk bereikbare Q-organismen door gebruik van smart collecties en Pantools (BO-56-001-058)

Project: EZproject

Project Details

Description

Deze huidige strategieën houden immers onvoldoende rekening met de diversiteit binnen soorten en de evolutie ervan. Daarnaast bieden de huidige methoden weinig tot geen mogelijkheden voor tracering van bronnen en het opsporen en volgen van trends in populatieopbouw van een ziekte of plaag.

Dit project beoogt op een proactieve manier om te gaan met de risicos die we lopen bij introducties van quarantaineorganismen. Daarvoor wordt van een aantal organismen een pangenoom opgebouwd om in de toekomst snelle detectie mogelijk te maken. Een pangenoom is een samengesteld genoom van een populatie, soort of genus dat alle gevonden genetische variatie bevat maar ook additionele gegevens over herkomst en fenotype. Aan de hand van zo een pangenoom is het mogelijk om het risico van een specifieke nieuwe variant in te schatten en de risicos voor land- en tuinbouw verder in kaart te brengen door de huidige monitoring te combineren met een innovatieve metagenoom analyse. Het is dus essentieel om van een brede range aan isolaten de nucleotidesequenties te genereren door gericht collecties aan te leggen en te ontsluiten. Hiervoor zal gebruik gemaakt worden van referentiemateriaal uit binnen- en buitenlandse bronnen. Er wordt gefocust op quarantaineorganismen waarvan binnen de Nederlandse fytosanitaire laboratoria weinig isolaten voorradig zijn.

De combinatie van de sequenties kan worden opgeslagen en geanalyseerd in een grafische database. Dit maakt het mogelijk om zeer snel robuuste, soort specifieke diagnostische toetsen te ontwikkelen, de genetische diversiteit is immers al in kaart gebracht. De nieuwe datastructuur maakt het mogelijk om na het toevoegden van nieuwe sequenties en metadata, snel en efficiënt analyses te verifiëren, waar nodig te actualiseren inclusief notificatie naar experts.

StatusActive
Effective start/end date1/01/2131/01/25