KV 1605-117 Levend of dood, dat is de vraag (BO-50-002-029, BO-33.05-001-007)

Voor pathogenen of plaag organismen is onderscheid tussen dood of levend van groot belang, zeker als gebruik wordt gemaakt van ontsmetting of decontaminatie technieken. Ook voor biologicals die gebruikt worden voor biocontrol of ter bevordering van groei is bepaling van de vitaliteit zeer belangrijk. Voor de detectie en kwantificatie van plantenpathogenen en biologicals wordt echter steeds meer gebruik gemaakt van moleculaire technieken. Deze moleculaire technieken zijn zeer gevoelig, specifiek en snel maar detecteren meestal ook dode organismen. Dit in tegenstelling tot biologische methodieken zoals lokking, uitplaten en biotoetsen waarbij alleen levende organismen gedetecteerd worden. Ook bij morfologische detectie technieken is het vaak mogelijk een inschatting te maken of men te maken heeft met een levend of dood organisme. De afgelopen jaren zijn in samenwerking tussen de keuringsdiensten en Wageningen-UR enkele veelbelovende moleculaire technieken ontwikkeld voor de specifieke detectie en kwantificering van levende plantpathogenen. Het gaat hier om technieken die gebaseerd zijn op de detectie van RNA dat in dode organismen snel afgebroken wordt of om technieken die onderscheidt maken ten aanzien van de integriteit/permeabiliteit van de celwand die in dode organismen gecompromitteerd is, de zogenaamde PMA-TaqMan PCR. Een aantal van deze methodieken is gevalideerd en geschikt bevonden voor routinematig gebruik. Maar voor het effectief gebruik van deze technieken in de praktijk liggen er nog vragen met betrekking tot de processen die zich afspelen in de RNA factory tijdens de verschillende ontwikkelingsfasen en vooral tijdens RNA processing/maturatie en vlak na het afsterven van bacteriën, nematoden, schimmels en insecten. Dit bepaalt hoe universeel toepasbaar deze methoden zijn voor andere organismen en andere decontaminatie procedures.