KV 1605-036 Fundament fytosanitair robuuste ketens (BO-50-002-053, BO-33.05-002-010)

Project: EZproject

Project Details

Description

In dit project wordt basiskennis gegenereerd over relevante (groepen van) organismen die van fytosanitair belang zijn. De keuze zal op vier lijnen worden ingevuld. Organismen die binnen dit project ter hand worden genomen zijn van belang voor:

-        Keuringsdiensten

-        NVWA via Euphresco netwerk op basis van de fytosignalering en het voorkomen op de lijst van emerging risks

-        De Groene Ruimte

-        Informatie en kennis bedrijfsleven

 

In nauw overleg met de NVWA en de private partijen zal worden afgestemd welke basiskennis of welke data van welke organismen bepaald moeten worden. De gegevens die bepaald zullen worden betreffen DNA- dan wel RNA sequentie data maar het kunnen ook biologische gegevens (pathogeniteit), morfologische (fysieke kenmerken) of biochemische (groeimedia) kenmerken zijn. Omdat het verkrijgen van isolaten van organismen vaak een knelpunt is in dit type onderzoek zal ook in internationaal verband afstemming plaatsvinden.

 

Voor 2017 zijn de organismen gekozen op basis van de vier lijnen. Gekeken is voor welke productstromen en welke organismen (bv meerjarige houtige gewassen) binnen die vier lijnen referentiedata gemist worden. Hierbij kan worden gedacht aan o.a. bacteriën, schimmels, virussen, nematoden, insecten.

 

Na consultatie met de overheid (EZ en NVWA), keuringsdiensten en private partijen zijn de volgende onderwerpen geselecteerd:

-        Pepper weevil: analyse sequentie data 2016

-        Opogona/ Duponchelia: genereren sequentie data van aangeleverd materiaal

-        Globodera: Verspreiding van virulentie bij Globodera pallida

-        Wratziekte: Europese Referentie Database voor Synchytrium endobioticum

-        Coördinatie

StatusFinished
Effective start/end date1/01/1731/12/19

Research Output

High-throughput sequencing technologies for plant pest diagnosis: challenges and opportunities

Olmos, A., Boonham, N., Candresse, T., Gentit, P., Giovani, B., Kutnjak, D., Liefting, L., Maree, H. J., Minafra, A., Moreira, A., Nakhla, M. K., Petter, F., Ravnikar, M., Rodoni, B. C., Roenhorst, J. W., Rott, M., Ruiz-Garcia, A. B., Santala, J., Stancanelli, G., van der Vlugt, R. A. A. & 5 others, Varveri, C., Westenberg, M., Wetzel, T., Ziebell, H. & Massart, S., Aug 2018, In : EPPO Bulletin. 48, 2, p. 219-224

Research output: Contribution to journalArticleAcademicpeer-review

Open Access
  • 5 Citations (Scopus)

    The linear mitochondrial genome of the quarantine chytrid Synchytrium endobioticum; insights into the evolution and recent history of an obligate biotrophic plant pathogen

    van de Vossenberg, B. T. L. H., Brankovics, B., Nguyen, H. D. T., van Gent-Pelzer, M. P. E., Smith, D., Dadej, K., Przetakiewicz, J., Kreuze, J. F., Boerma, M., van Leeuwen, G. C. M., André Lévesque, C. & van der Lee, T. A. J., 10 Sep 2018, In : BMC Evolutionary Biology. 18, 136.

    Research output: Contribution to journalArticleAcademicpeer-review

    Open Access
  • 5 Citations (Scopus)

    Activities

    • 3 Oral presentation

    Innovative detection methods to support plant health diagnostics.

    P.J.M. Bonants (Speaker), I.M. Houwers (Contributor), A.M. Dullemans (Contributor), Y. Griekspoor (Contributor), O. Mendes (Contributor), M.P.E. van Gent-Pelzer (Contributor), R.A.A. van der Vlugt (Contributor), J.H.W. Bergervoet (Contributor), C.D. Schoen (Speaker), J.M. van der Wolf (Contributor), T.A.J. van der Lee (Contributor)
    2018

    Activity: Talk or presentationOral presentation

    What’s in a pipeline: Understanding the basics of NGS.

    T.A.J. van der Lee (Speaker)
    22 Nov 2017

    Activity: Talk or presentationOral presentation

    Next Generation Sequence Technology to evaluate the presence of plant pathogens in tomato seeds: What’s in a Pipeline?

    P.J.M. Bonants (Speaker), E.C.P. Verstappen (Contributor), I.M. Houwers (Contributor), A.M. Dullemans (Contributor), T.A.J. van der Lee (Contributor)
    30 May 2017

    Activity: Talk or presentationOral presentation