KV 1605-029 Optimale diagnostiek door gebruik innovatieve detectie methoden (BO-56-001-013, BO-50-002-024, BO-25.10-007-004)

Project: EZproject

Project Details

Description

Innovaties op het gebied van detectie en diagnostiek zijn essentieel om de prominente positie, die Nederland momenteel inneemt in de wereldhandel van plantaardige producten en uitgangsmateriaal, te ondersteunen en verder uit te bouwen. De afgelopen jaren zijn op het gebied van diagnostiek diverse innovatieve onderzoeksmethoden m.b.v. Next Generation Sequencing (NGS) ontwikkeld. Deze technieken hebben een enorme potentie en zouden voor diagnostiek veel breder ingezet kunnen worden. Hiervoor is het wel belangrijk dat er goede afstemming is tussen de verschillende partijen en er standaardisatie van procedures en analyse methodieken, inclusief settings, komt. De samenwerking zoals vormgegeven in deze PPS met de belangrijkste keuringsdiensten en kennisinstelling DLO zou hierin een belangrijke internationale rol kunnen vervullen. Om NGS breed voor Diagnostiek in te kunnen zetten moet verder fundamenteel onderzoek worden verricht. Gebruik van deze nieuwe methodieken zal, in combinatie met meer traditionele technieken, doelmatig en in samenhang met de gehele keten moeten worden ingezet (monstername, extractie, toets en analyse). Welke methodieken zet je dan het meest effectief in en waar in de keten? Daarnaast is gebleken dat NGS nieuwe inzichten geeft in detectie en diagnostiek bijvoorbeeld op het gebied van verwantschap versus pathogeniteit/functie. Het gebruik van genoominformatie t.o.v. het huidige gebruik van een enkel gen of enkele genen (zogenaamde barcodes) voor de diagnostiek. Dit noemt men PanGenomics. De meerwaarde is dan, om in plaats van naar één stukje van de puzzel te kijken, naar alle stukjes van de puzzel wordt gekeken, ook in hun  onderlinge samenhang. Zo ontstaat een totaal beeld, welke de mogelijkheid biedt om zaken beter te controleren of te valideren.

StatusActive
Effective start/end date1/01/1731/12/20

Research Output

Next Generation Sequence Technology reveals bacteria and viruses

van der Lee, T. A. J. & Bonants, P. J. M., 2017, In : Prophyta Annual. 2017, p. 42-43

Research output: Contribution to journalArticleProfessional

Open Access

Activities

  • 3 Oral presentation

Next Generation Sequence Technology to evaluate the presence of plant pathogens in tomato seeds: What’s in a Pipeline?

P.J.M. Bonants (Speaker), E.C.P. Verstappen (Contributor), I.M. Houwers (Contributor), A.M. Dullemans (Contributor), T.A.J. van der Lee (Contributor)
30 May 2017

Activity: Talk or presentationOral presentation

What’s in a pipeline: Understanding the basics of NGS.

T.A.J. van der Lee (Speaker)
22 Nov 2017

Activity: Talk or presentationOral presentation

In search for the causal agent of faba bean gall disease in herbarium samples.

T.A.J. van der Lee (Speaker)
2017

Activity: Talk or presentationOral presentation