Full Force (KB-37-003-056)

Whole-genome sequencing (WGS) van bacterien wordt steeds meer gebruikt in EU monitoring systemen, waaronder antimicrobiele resistent (AMR). Short-read WGS wordt hier voornamelijk ingezet om klonale verspreiding van bacterien te kunnen detecteren. AMR genen liggen meestal gecodeerd op overdraagbare genetische elementen zoals plasmiden, die met short-read WGS moeilijk compleet gedetecteerd worden, maar in combinatie met long-read WGS kunnen deze elementen wel goed gedetecteerd worden. De transmissie van AMR kan op deze manier beter bestudeerd worden.

 

Het project OneHealth-EJP Full-Force heeft als eerste opdracht om de long-read WGS techniek op basis van Nanopore sequencing te introduceren in de AMR monitorings-laboratoria van de verschillende partners. Hierbij wordt een geharmoniseerd protocol opgesteld van de laboratorium werkzaamheden voor het genereren van de data, en een workflow voor het analyseren van deze data.

 

Verschillende deelvragen worden tijdens het project onderzocht door verschillende subgroepen uit het consortium. WBVR leidt hierbij onderzoek naar de evolutie van IncI1-plasmiden in Europa in Escherichia coli, het plasmide type waarop de meeste ESBL-genen in Europa worden gedetecteerd. Verder wordt bijgedragen aan onderzoek naar IncK2-plasmiden en IncZ-plasmiden in E. coli, en naar ESBL-plasmiden in Klebsiella pneumoniae.