Extractie. Exploring fast/simple NA extraction 2) explorering dried blood spots for PCR (KB-33-007-013)

Project: EZproject

Description

Snelle zogenaamde extractievrije protocollen van DNA en RNA kunnen de diagnostiek van pathogenen sterk versnellen. In een intern strategisch plan 2017 van WPR, is een extractievrije methode ontwikkeld met een nieuwe ultra-simpele extractie buffer (USEB). Met behulp van deze buffer bleek een minimum aantal handelingen nodig voor het isoleren DNA en/of RNA uit plant. Daarna is de buffer getest met verschillende matrices en plantpathogenen, zoals schimmel, grampositieve en gramnegatieve bacteriën en virussen. Per organisme/matrix waren soms kleine aanpassingen nodig. Kwaliteit van het geïsoleerde RNA en DNA was voldoende voor (q)-PCR toepassingen (Proof of Principle).

 

In dit vervolgonderzoek willen we (1) het werk uitbreiden naar de toepasbaarheid op andere pathogenen en matrices en (2) de mogelijkheden qua toepassing in combinatie met andere detectie formats zoals bijvoorbeeld, LAMP, Luminex en NGS, verder onderzoeken.

 

Qua matrices kunnen we hier bijvoorbeeld denken aan grond, mest, sperma, dry blood spots en verschillende type voedsel of monsters van dierlijke of humane oorsprong. Nieuwe organismes zijn bijvoorbeeld nematoden en insecten. In het kader van Agile Diagnostics kan de toepasbaarheid in verschillende domeinen zoals voeding, dier en humaan worden onderzocht. De buffer wordt in combinatie met verschillende types voedsel en monsters van dierlijke of humane oorsprong getest voor de extractie van DNA/RNA uit dierlijke en humane pathogenen.

 

StatusFinished
Effective start/end date1/01/1831/12/18