Bio-informatica en deep sequencing applicaties (WOT-01-003-085)

Deze ontwikkelingen komen bijvoorbeeld tijdens een uitbraak ten goede aan moleculair-epidemiologische analyses, maar worden ook ingezet voor virale- en bacteriële genoom­analyses ten behoeve van de snelle identificatie van eerstelijns diagnostische antigenen en vaccintargets.

Er is binnen het WBVR een goede basis gelegd voor onder andere het deep-sequencen, voor algemene bio-informatica analyses en voor de bijbehorende infrastructuur. Voor verschillende projecten is inmiddels al veel technologie ontwikkeld en zijn er enkele volwaardige pijplijnen beschikbaar voor algemeen gebruik. De ontwikkelingen in de ‘omics’ technologieën en de bio-informatica gaan echter zo snel, en FAIR datamanagement (Findable Interoperable Accessible Reusable) wordt steeds meer een vereiste, waarvoor een goed uitgeruste en up-to-date expertise-groep op dit gebied een essentieel onderdeel vormt van de WBVR basisinfrastructuur om ook toekomstige (beleids)relevante dierziekte vraagstellingen op korte termijn te kunnen beantwoorden.

Dit project zal middels het up-to-date houden en verder ontwikkelen van sequencing en bio-informatica expertise het in 2018 aflopende WOT-O bio-informatica project voortzetten en het bestaande samenwerkingsnetwerk onderhouden en uitbouwen. Het verlengings­project zal worden ingezet op een drietal hoofdpunten (werkpakketten) voor onderhoud en verdere uitbouw van de basisexpertise:

1. Up-to-date houden bestaande expertise / faciliteiten en het continueren vraagbaak functie.
2. Hiermee kan ook ad hoc assistentie en capaciteit worden geleverd ten tijde van een uitbraak. Het verkleinen van het gat tussen bestaande ‘gestandaardiseerde’ deep sequencing bio-informatica procedures en agens-specifieke toepassingen (ook direct op klinisch materiaal).
3. Uitbouwen van de basis expertise middels een drietal innovatietrajecten;

1. FAIR datamanagement en datahergebruik.
2. Vernieuwende/nieuwe sequencing technologieën en analyse methoden (nanopore/RNAseq),
3. Meta-genoom sequencen (alle aanwezige nucleïnezuren) als bredere screenings­methodiek,